Het ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS) heeft onder leiding van Hugo de Jonge actief een uitgebreid forensisch onderzoek naar de winstmarges van Sywert van Lienden en zijn partners op hun mondkapjesdeal met de overheid tegengehouden. Dit gebeurde begin 2021, nadat accountants van KPMG en EY intern hadden aangegeven dat er mogelijk onregelmatigheden waren met de deal.
Het ministerie had aanvankelijk het onderzoeksbureau Grant Thornton opdracht gegeven om de transactie te onderzoeken, maar toen er voorstellen kwamen om het onderzoek uit te breiden naar de winstmarges en de financiële aspecten van de deal, werd daar geen toestemming voor gegeven.
Deze beslissing leidde tot interne discussies en meerdere gesprekken met Grant Thornton. Uit de communicatie blijkt, onthult NRC, dat het ministerie vooral vreesde dat de deal daarmee in de openbaarheid zou kunnen komen. Uiteindelijk werd besloten het onderzoek niet uit te breiden, waardoor de mogelijke winst die Van Lienden en zijn partners hadden gemaakt buiten beschouwing bleef.
Het rapport van Grant Thornton werd in juni 2021 alsnog openbaar gemaakt, nadat de mondkapjesdeal en de nettowinst van meer dan 20 miljoen euro via de media naar buiten waren gekomen. In het rapport concludeerde Grant Thornton dat er 'geen indicaties' waren voor mogelijke integriteitsschendingen rond het aangaan van de overeenkomst.
Deze kwestie kan een rol gaan spelen in de rechtszaak die VWS inmiddels tegen Van Lienden en zijn partners voert. Na de onthulling van de miljoenenwinst zei toenmalig minister Tamara van Ark dat het voor het ministerie "niets" had uitgemaakt of de transactie via een nonprofitstichting of een commerciële bv was uitgevoerd. Het enige dat telde was het snel voorzien van de zorg in Nederland van voldoende, kwalitatief goede mondmaskers.
Later maakte het ministerie echter een draai, mede onder invloed van vervolgonderzoek door Deloitte naar de deal. Naar aanleiding van het Deloitte-rapport in september 2022 schreef minister Conny Helder dat Van Lienden tijdens de onderhandelingen een "onjuiste voorstelling van zaken" had gegeven en onduidelijkheden over de verhouding tussen stichting en bv "bewust in stand" had gehouden. VWS kondigde toen alsnog aan zich te beraden op juridische stappen en eist inmiddels de door het drietal gemaakte winsten terug.